菌类中药多为子囊菌纲和担子菌纲植物的子实体和菌核体。菌类中药的合理采收与其产量和质量的关系很大，不同地区气候条件不同，菌类中药的生长发育也不同，故采收期也各异。必须掌握菌类中药生长发育规律，做到不误时机合理采收。菌类中药种类繁多，不同品种采收季节不同。一般通则为：
子实体：以子实体入药的野生菌类中药材多在雨量充沛、气候湿润的7～8月份生长，应及时采收。有些胶质菌如黑木耳等在5～6月即开始生长采收。人工栽培的菇类，应在出菇的高峰期采收，同时要根据菇的生长密度决定采摘量，一般生长过密的要多采摘。马勃宜在子实体刚成熟时采收，过迟则孢子分散；冬虫夏草在夏初子座出土孢子未发散时采挖。
菌核：有许多菌类中药以菌核入药，如茯苓、猪苓、雷丸等。野生菌核的采收多在春季或秋季，人工栽培的茯苓在接种后第二年春季；猪苓4～5年才能采收，以秋季为好。
菌类中药材采回以后，要及时除去泥土、杂质、腐烂、虫蛀部位，尽快加工。一般入药的菌类药材仅需干制。
晒干：把菌类中药直接摊放在席子上，在阳光下曝晒。有条件搭架子，可把席子放在架上，把采收下来经过处理的鲜菌不重叠地铺排在席子上，以利通风，干燥更快。晒干方法简单易行，生产成本低，节约能源。但干燥过程慢，时间长，易受气候影响，特别遇到潮湿多雨的天气，干燥时间拖长 ，会大大降低产品的质量。
烘干：利用炭火、电烤炉、微波或远红外线等热源及电风扇、抽风机等通风设备，在烤房中使菌类中药干燥。烘烤时，温度不宜过高，初始温度一般35～45℃，最后达60～70℃，不超过80℃。在一定时间内，抽出潮湿空气，加快干燥速度。实践证实，采用红外变温吸湿干燥先进实用技术，效率高、耗能少、质量好，值得推广。