中草药对益生菌、肠道菌群的影响自古以来，中草药就用来治疗各种疾病，中草药来源于天然植物，成分复杂，含有多糖、生物碱、苷类、挥发油和鞣质等大量活性成分，具有多种药理作用，如清热解毒、止咳平喘、祛痰利咽、补中益气、健脾开胃、活血化瘀、涩肠止痢、保护肠道粘膜和增强免疫力等。传统中药体外主要在炮制、煎煮过程等方面具有一定变化，同时进入机体后也会发生动态变化，这个变化包括了药物吸收、分布、代谢、排泄等几个过程。第一个过程就是经口服进入消化道，在消化道内被消化液和机体细菌吸收代谢，肠道菌群的微小变化都可以对药物的药效产生很大影响。
益生菌
益生菌：具有维持消化道内微生物的良好平衡，防治疾病，且无毒、无残留和无污染。常见的益生菌是乳酸菌、双歧杆菌、芽孢杆菌、嗜热链球菌等几大类。
近年研究表明，许多中草药对益生菌和肠道有益菌具有益生元作用，特别是补中益气类中草药，如黄芪、甘草等，促进有益菌生长。中草药多成分体系中，除含有大量具有药理作用的活性成分外，还含有蛋白质、脂类、微量元素和维生素等营养成分，为益生菌的生长提供多种营养，增加肠道益生菌(如乳酸菌、双歧杆菌等)的数量和种类，在维持机体微生态环境的平衡中起到了关键作用。
02中草药的益生元作用机理
与其它益生元(寡糖、果胶等)有很大不同，其它益生元不但对肠道有益菌有促进生长作用，也对有害菌有促进作用，而中草药作为益生元的作用要优于其它的益生元，中草药活性成分为益生菌的增殖扫清障碍，抑制有害菌的生长和增殖，蛋白质、脂类、微量元素和维生素等营养成分促进肠道有益菌的快速增殖。因此，中草药各种成分不仅不能被有害菌利用，而且还能抑制或杀灭它们，促进肠道有益菌生长具有药理和益生元的双重作用。
从生态学角度来讲，小肠绒毛和隐窝是正常微生物生存的环境，即生境。生境一旦遭到破坏，不再适宜生理性细菌生长繁殖，生理性细菌便减少，菌群间的平衡失调，造成正常菌群的营养作用、免疫功能和对致病菌的拮抗作用下降。中草药制剂能够通过改善生理性细菌的生境，维护正常菌群的平衡与稳定，从而对致病菌起到拮抗作用。
03中草药对肠道菌群的影响
大多数中草药常以口服给药方式，最终都会到达胃肠道，多数的中草药有效成分都含有水溶性的糖类，以葡萄苷类形式存在，这些化合物在肠内难以吸收，生物利用度低，在肠内滞留时间较长，容易受到肠内菌群的作用。因此益生菌一旦在体内肠道定植，大量繁殖，形成优势菌群，产生大量酶系，主要有β-葡萄糖醛酸酶、β-葡萄糖苷酶、β-半乳糖酶、硝基还原酶、偶氮还原酶、7-α羟基酶、蛋白酶、各种碳水化合物酶和纤维素酶等，便能对植物中的多种成分进行代谢处置，通过多种反应和处理，以利于机体对药物吸收，进行血液，发挥药效。如果肠道菌群失调，细菌分泌的有益酶类减少或活性降低，影响药物代谢速度和效率，间接影响血液中草药物浓度，影响疗效。
有益菌对中草药代谢起促进作用，不仅是有益细菌能加强消化道运动，加快药物吸收，更主要是中草药内许多成分经肠道菌群反应、代谢后由无活性的前体物质转化为具治疗作用的有效成分，增强药效，降低毒性成分，减轻对机体的损伤，最终抑制清除病原微生物，提高机体免疫水平，避免药物对机体产生不利影响，达到预防和治疗疾病的目的。
如甘草酸是中草药甘草中重要的活性成分，它是由甘草次酸与两分子的葡萄糖醛酸结合而成，通过与体内外代谢相结合的研究，甘草酸在体内主要是经大肠细菌代谢生成甘草次酸，然后被机体吸收而显现其药理活性。人参总皂苷类化合物在口服后的生物利用度仅在1%左右，并且原有的近50种皂苷只有3~5种能够进入血液中，其中还包括人参本身没有的 2种代谢后的皂苷化合物。
有些中草药必须经消化酶或肠道菌群代谢才发挥作用。如麦冬皂苷D′在消化道经肠道菌群转化后以苷元形式吸收进入血液。芍药、当归中的糖苷化合物均不能被肠道消化酶所分解，而是在肠道益生菌所具有的β-糖苷酶作用后，水解转变为苷元，然后由后者发挥作用。芍药苷经短乳杆菌作用后产生了手性对映体7S-和7R-PM-I，其药效强于芍药苷。肠道菌群的β-糖苷酶可将苦杏仁苷水解并释放HCN而发挥止咳平喘作用。柴胡皂苷a经益生菌产生的β-D-葡萄糖苷酶及β-D-岩藻糖苷酶作用下可转化为b1和g 的二烯皂苷而发挥药理作用。
食用益生菌后，益生菌通过产酸及细菌素、生物夺氧、黏附排斥和竞争排斥作用等方式，在肠道抑制有害细菌生长和增殖，保持肠道菌群平衡。肠道中增殖的益生菌可产生大量的短链脂肪酸，降低肠道 pH值，不但可以抑制病原菌的生长，而且可以使肠道还原电势降低，调节肠道正常蠕动，间接阻止病原菌在肠道的定植，从而改善肠道微生物组成，形成以益生菌为优势菌的肠道菌丛。
04中草与西药治疗原理
抗生素、抗病毒药物等化学药物的大量使用，在预防治疗动物疾病的同时也留下不少后遗症：体内菌群失调，细菌、病毒对抗生素耐药性加强，抗生素用法不当导致死亡，畜禽食品激素、抗生素残留等一系列问题，而中草药和益生菌可以避免出现这些问题。
中草药与益生菌联合使用，不仅具有无毒、无害和无污染的特点，而且还通过相互的促进作用加强疗效，促进肠道有益菌群增殖和生长，保持菌群平衡。中草药有效成分及天然活性前体在消化道经微生物转化后，利于机体吸收，增强机体免疫功能、健脾开胃、促进肠道发育和益生菌增殖等；肠道菌群平衡，分泌各种活性酶，促进中药在肠道的生物转化和吸收，发挥更好的药效，益生菌在消化道内的大量繁殖，拮抗病原菌，减少疾病发生，加强消化道运动，分解食物中蛋白质，帮助消化吸收，减少粪便中的气味，净化舍内环境，并且提供多种氨基酸，合成蛋白质和维生素，增强机体免疫功能，改善宿主机体的各种生理功能，达到防病治病、促进生长和健康养殖的目的。