中药材生长发育需要多种营养元素，氮、磷、钾三元素需要量大，不同种类喜肥的规律也不同，施肥的总原则是：1～2年生全草类药材，苗期应多施氮肥，促茎叶生长；种子果实类药材施磷、钾肥；多年生及根和地下茎类药材，整地时要施足有机肥，生长期需追三次肥，第一次在春季萌发后，第二次在花芽分化期，第三次在花后果前，冬季进入休眠前还要重施越冬肥。合理施肥对增进药用植物生长发育，提高产量和品质，起着重要作用。目前种植药材施肥有两个误区，一是根本不施肥；二是使用大量的化肥。现依据中药材规范化生产“gap”有关规定，归纳以下几点施肥技术，供广大药农在生产时参考：
一、依据中药材的品种特点施肥：中药材因其品种、以及各生长发育的阶段不同，所需养分的种类、数量以及对养分的吸收强度也不相同。通常对于多年生的，特别是根茎类药用植物，如白芍、大黄、党参、牛膝、牡丹等，以施用充分腐熟的有机肥为主，配合使用磷钾肥，以满足全部生长周期对养分的需要；对于全草类中药材，可恰当增施氮肥；对于花、果实、种子类的中药材，则应多施磷、钾肥。在中药材不同的生长阶段施肥也不同，生长前期，多施氮肥，使用量要少，浓度要低；生长中期，氮肥的用量和浓度应恰当增长；生长后期，多用磷、钾肥，增进果实早熟、种子丰满。
二、依据土壤特性施肥：
（1）沙土：要重施有机肥，如厩肥、堆肥、绿肥、土杂肥等，并掺加黏土，增厚土层，加强其保水肥能力。追肥应少量多次施用，避免一次使用过多而散失。
（2）黏土：应多施有机肥，并结合加施沙子、炉灰渣类，以蓬松泥土，增加土壤的透水通气性，并将速效性肥料做种肥和早期追肥，以利提苗发棵。
（3）沙土：此类土壤兼有沙土、黏土的优点，是多数中药材栽培最理想的土壤，施肥以有机肥和无机肥相结合，依据栽培品种的各生长阶段对肥料的需求合理施用。
? 三、依据当地气候条件施肥：在低温、干燥的季节和地区，最好施用腐熟的有机肥，以提高地力和保墒能力，而且肥料要早施、深施，以充分发挥肥效。化学氮肥、磷肥和腐熟的有机肥一起做基肥、种肥和追肥施用，有利于幼苗早发，生长茁壮。而在高温、多雨季节的地区，肥料分解快，植物分解能力强，追肥不宜施得过早，而且应量少次多，以减少养分损失。
四、施肥原则：
（1）以氮肥为主，磷、钾肥配合施用。
（2）以基肥为主，配合施用追肥和种肥。
（3）以农家肥为主，农家肥与化肥配合施用。在施用农家肥的基础上使用化肥，能够舍短取长，缓急相济，不断提高土壤的供肥能力。同时能提高化学肥料的利用率，抑制单纯施用化肥的副作用，以提高中药材的品质。
五、可选用的肥料种类、追肥时期及注意事项
1、有机肥料：又称农家肥料，一般做基肥。如堆肥、饼肥、绿肥等，其来源丰富广泛，含有大量氮、磷、钾及其它多种营养元素，长期施用能增进土壤的团粒结构，改良土壤性质，提高土壤的保肥、保水能力及通气性，对多年生及根和地下茎类中草药如山药、人参、桔梗等施用效果较好。现将几种有机肥料分别介绍如下：
①饼肥。饼肥对中药的品质有较好的作用，腐熟的饼肥可适当多用。一般高氮油饼不含有毒物质，作为肥料只要粉碎就能施用。含氮量低的油饼常含有皂素或其它有毒物质，做肥料时需先经发酵，清除毒素。含毒素的油饼有菜籽饼、茶子饼、桐子饼、蓖麻饼、柏子饼、苍耳子饼、花椒干饼和椿树子饼等。
②人、畜粪尿。人、畜粪尿必须要经过贮存、腐熟后才适宜施用。严禁在中药植株上浇不腐熟的人、畜粪尿。原因有三：一是新鲜人、畜粪尿含多种病菌病毒；二是新鲜人、畜粪尿难以被植物吸收利用，且不易被土壤所保蓄；三是新鲜人、畜粪尿所含盐分和养分浓度过高，会使土壤养分分布不匀而影响作物的生长。
③绿肥。我国绿肥肥源丰富，目前已栽培利用和可供栽培利用的绿肥植物就有200余种，是中药材GAP种植中有待开发利用的重要天然肥源。在我国南方各省主要利用冬闲田栽培紫云英、金花菜、箭舌豌豆、肥田萝卜以及蚕豆、豌豆和油菜等作为来年主要作物的肥源，而北方各省区以一年生绿肥居多，种类有箭舌豌豆、草木犀、绿豆等。
④秆肥。是重要有机肥源之一，作物秸秆含有相当数量的为作物所必需的营养元素，在适宜条件下通过土壤微生物或牲畜消化的作用，可使营养元素返回土壤，被作物所吸收利用，称作秸秆还田。秸杆还田可采取堆沤还田、过腹还田（牲畜粪尿）、直接翻压还田、覆盖还田等多种形式。操作时秸秆要直接翻入土中，注意与土壤充分混合，不要产生根系架空现象，并加入含氮丰富的人、畜粪尿、也可用一些氮素化肥，以调节还田后的碳氮比（20：1）。
⑤微生物肥料。是用特定微生物菌种培养生产的具有活性的微生物制剂，具有无毒无害，不污染环境的特点，对减小中药材硝酸盐含量，改善中药材品质有明显效果，可用于拌种、做基肥或追肥使用。
⑥叶面（根外）喷肥。叶面（根外）喷肥是喷施于植物叶片并能被其吸收利用的肥料，可含少量天然的植物生长调节剂（不得使用化学合成的植物生长调节剂）。一般是由天然有机物提取液或接种有益菌类的发酵液配加维生素、藻类、氨基酸等营养元素制成，也有一些是微量元素肥料。可施用1次或多次，但最后一次须在收获前20天喷施。
⑦其它肥料。如锯末、刨花、木材废弃物、不含防腐剂的鱼渣、骨粉、骨胶废渣、家禽家畜加工废料、糖厂废料、城市生活垃圾等。使用前一定要经过无害化处理，达对标准后才能使用，而且每年每公顷农田限制用量黏性土壤不超过45吨，沙性土壤不超过30吨。
2.无机肥料：又称化学肥料，这类肥料仅含一种或两种无机肥效成分，有效养分高，肥效快（称速效肥），一般做追肥。这类肥料单独使用易造成土壤板结，若和有机肥配合使用，可以解决土壤板结的问题。而且有些肥料还对植物和土壤有选择性。全草类、叶类、果实种子类、花类中草药可以使用无机肥。
3.微量元素肥料：如硼酸、硫酸锌、硫酸铜等，多用来浸种或根外喷肥。使用此类肥要注意选择合适的浓度和用量，在确保肥效和药材品质的情况下，可结合病虫害防治，将肥料与农药混合喷施。
追肥种类、追肥时期及注意事项：追肥以有机（速效）肥为主，结合降雨施用。为了及时而充分地满足中药材各生长发育阶段对养分的需要，必须在其生长发育的不同时期，分期、分批施用。多年生中药材常于返青、分蘖、现蕾、开花等不同时期施用。以种子和果实为药的中药材，在蕾期和花期追肥为好；以根、根茎、鳞茎类为药的中药材，在地下部膨大期追肥可获高产。一年多次收获的中药材应在每次收获后及时追肥。追肥时应留意肥料的品种、浓度和用量，免得引起肥害。
六、不能做种肥的三类肥料
1、含有毒害作用的肥料
主要是农作物生产中使用最多的尿素。尿素在农作物生产过程中，常生成少量的缩二脲，该物质的含量超过2％，对种子和幼苗就会产生毒害。另外，含氮量高的尿素分子也会透入药材种子的蛋白质分子结构中，使蛋白质变性，影响种子的发芽。
2、含有害离子的肥料
一类是氯化钾、氯化铵。此类化肥含有氯离子，施入后会产生水溶性的氯化物，对种子发芽和幼苗的生长不利。另一个类是硝酸铵、硝酸钾。因含有硝酸根离子，对种子发芽影响很大。
3、含有腐蚀作用的肥料
如碳酸氢铵和过磷酸钙。若用此类化肥作中药材栽培时的种肥，对种子的发芽和幼苗都会产生腐蚀。若土质瘠薄，一定要用此类肥料，可将其施在沟下或底层，上面覆盖一层细土后再撒播药材种子，使种子和肥料分开。
此外，种植中药材要慎用“除草剂”，若用除草剂也得用药材专用除草剂。
最常用的无机肥（化肥）是硫酸铵。